Konteineru māju celtniecības izmaksas un{0}}ilgtermiņa ekspluatācijas izmaksas vienmēr ir bijušas nopietnas bažas. Pētnieki, veicot visaptverošus aprēķinus par dažādu izolācijas materiālu kopējām izmaksām visā to kalpošanas laikā, atklāja dažas interesantas parādības: lai gan ir nepieciešami biezāki izolācijas slāņi augstkalnu vietās, tas ne vienmēr nozīmē lielāku izmaksu efektivitāti. Dažus augsto tehnoloģiju izolācijas materiālus (piemēram, aerogela vakuuma paneļus), neskatoties uz to lielisko izolācijas veiktspēju, ir grūti plaši izmantot to augstās cenas dēļ.
Jāatzīmē, ka, optimizējot projektu, izmantojot zinātnisku aprēķinu metodes, var ne tikai samazināt sākotnējās būvniecības izmaksas, bet arī būtiski samazināt turpmākos enerģijas patēriņa izdevumus. Šī holistiskā optimizācijas pieeja padara konteineru mājas konkurētspējīgākas izmaksu-efektivitātes ziņā, nodrošinot spēcīgu atbalstu to plašajai ieviešanai. Šie atklājumi sniedz praktiskas atsauces konteineru māju ekonomiskai projektēšanai,{3}}ņemot vērā gan sākotnējos ieguldījumus, gan rūpīgu ilgtermiņa ekspluatācijas izmaksu aprēķinu.
